Больница основана в 1961 году. Письмом заместителя министра здравоохранения РСФСР от 8 июня 1961г № 32т-1526 было разрешено открыть в городе Краснодаре при хлопчатобумажном комбинате городскую больницу на 450 коек. Первые отделения (детское на 60 коек, хирургическое на 100 коек, глазное на 50 коек, терапевтическое (с 01.05.2009 года по приказу Управления Здравоохранения "О переименовании терапевтического отделения больницы", переименовано в кардиологическое) на 100 коек) приняли первых пациентов уже в сентябре 1961 года. До конца 1961 года были открыты также ортопедическое и гинекологическое отделения.

Приказом отдела здравоохранения Краснодарского крайисполкома № 554 от 24.08.1987 г. Краснодарская городская больница хлопчатобумажного комбината реорганизована в Медико-санитарную часть хлопчатобумажного комбината, а на основании приказа Горздрава № 510 от 22.10.1991 г. с 15.10.1991 года медико-санитарная часть хлопчатобумажного комбината переименована в медсанчасть акционерного общества «Югтекс». Решением Комитета по управлению имуществом г. Краснодара № 3 от 10.01.1995 г. и после получения 17.02.1995 г. свидетельства о государственной регистрации медсанчасть реорганизована в муниципальное учреждение здравоохранения медико-санитарная часть «Югтекс».

С 01.01.1998 года на основании постановления Главы городского самоуправления г. Краснодара № 658 от 28.04.1997 г. и приказа городского объединения медицинских учреждений г. Краснодара № 434 от 10.12.1997 г. муниципальное учреждение здравоохранения медико-санитарная часть «Югтекс» переименована в муниципальное учреждение здравоохранения «Городская клиническая больница № 3».

На основании приказа  министерства здравоохранения Краснодарского края от 11.12.2018 года за № 6822  «О переименовании учреждений здравоохранения» муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения Городская клиническая больница №3 с 28.12.2018 года  переименовано в  государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Городская клиническая больница № 3 города Краснодара» министерства здравоохранения Краснодарского края (ГБУЗ ГКБ № 3 г.Краснодара МЗ КК).

Государственное бюджетное учреждение здравоохранения "Городская клиническая больница № 3 города Краснодара" министерства здравоохранения Краснодарского края является современным лечебно-диагностическим комплексом, который оказывает населению многопрофильную специализированную медицинскую помощь с применением современных технологий. В 2011 году на базе больницы в рамках Государственной программы модернизации открывается  высокотехнологичный травматологический центр.

Больница находится в центре города Краснодара на участке площадью 3,9 Га, засаженном цветами и многолетними деревьями. Во всех отделениях в последние годы произведен ремонт. Условия для лечения пациентов и работы сотрудников комфортабельные.

Больница оказывает плановую и экстренную стационарную помощь населению как краевого центра, так и края. Больница располагает отделениями - кардиологическим, офтальмологическим, гинекологическим, травматолого-ортопедическим, сосудистой хирургии, детским неврологическим, анестезиологии-реанимации. Широко представлена и диагностическая служба – все виды рентгенодиагностики, контрастное рентгенообследование магистральных сосудов, компьютерная томография, флюорография, ультразвуковые исследования, функциональная диагностика сердечно-сосудистой системы, патогистологическая и цитологическая диагностика, клинические, биохимические, серологические, бактериологические лабораторные исследования, эндоскопическая диагностика.

Главный врач и коллектив сотрудников работу больницы строят в рамках современной концепции здравоохранения, предусматривающей рациональное использование кадрового потенциала. Материальных средств, внедрение современных высокотехнологичных малоинвазивных медицинских технологий, стационарзамещающих и ресурсосберегающих форм организации медицинской помощи. Показатели деятельности больницы за последние годы имеют положительную динамику. Так, только за последние три года количество пролеченных больных увеличилось на 10 %, количество больных, выписанных с выздоровлением и улучшением – на 12 %.

В кардиологическом отделении работает палата интенсивной терапии (кардио - блок), в результате чего снижается летальность больных инфарктом миокарда. Реорганизация городского офтальмологического отделения, открытие дневного офтальмологического стационара, оснащение отделения современным оборудованием и новейшими технологиями лечения (факоэмульсификация катаракты, витреоретинальная хирургия, лазерокоагуляция сетчатки при диабете, все виды операций при глаукоме и др.) позволили сделать этот вид специализированной помощи доступным для жителей города Краснодара. За последние 3 года приобретено современной медицинской техники на сумму 22,5 млн. рублей, что позволило выполнять операции с использованием высоких технологий. В травматолого-ортопедическом отделении стали выполнять такие операции, как: эндопротезирование крупных суставов, артроскопия коленных суставов, протезирование передней крестообразной связки артроскопически, блокирующий остеосинтез длинных трубчатых костей, остеосинтез костей надувным штифтом и т.д. В отделении сосудистой хирургии применяются такие современные технологии как: рентгенэндоваскулярная хирургия, протезирование магистральных сосудов, реплантации конечностей с использованием микрохирургической техники. В гинекологическом - маточный манипулятор Клермон-ферран позволяет проводить лапароскопическую гистерэктомию, лапароскопически ассистируемую влагалищную гистерэктомию.

В кардиологическом, травматолого-ортопедическом и приемном отделениях проведен капитальный ремонт с созданием современного интерьера, отличных условий пребывания для пациентов и условий труда медицинских работников. В течение последних 1,5 лет выполнено работ по реконструкции и капитальному ремонту больницы на сумму более 35 млн. рублей.

В больнице работает около 700 сотрудников, из них 145 – врачи и 247 – средний медицинский персонал. Медсестра Гнездилова Л.А. работает в больнице с момента открытия, 9 сотрудников имеют стаж работы в больнице 40-45 лет и 23 сотрудника работают в больнице 30-39 лет.

Медицинские кадры больницы большое внимание уделяют постдипломной подготовке. Каждый год на центральных и местных базах постдипломного образования проходят профессиональную подготовку более 80 специалистов высшего и среднего звена. Сегодня более 70 % врачей и 50 % среднего медицинского персонала аттестованы на квалификационную категорию. В больнице работает 3 Заслуженных врача РФ, 2 Отличника здравоохранения, 8 Заслуженных работников здравоохранения Кубани, 1 доктор и 12 кандидатов медицинских наук.

В 2011 году больница отметила свое 50-летие.

Главные врачи больницы: